Approches diagnostiques

Le EcL offre un service de détection rapide et très sensible des E. coli pathogènes (pathotypage) en effectuant un bref enrichissement de l’échantillon suivi d’un PCR multiplex. Différents PCRs multiplex ont été développés selon l’espèce animale dont provient l’échantillon (porc, bœuf, chien, chat, lapin, humain...). Les échantillons positifs par PCR peuvent par la suite être examinés plus en profondeur afin d’isoler les E. coli pathogènes et permettre l’analyse complète (virotypage) de plus d’une centaine de facteurs de virulence, soit par PCR et/ou par hybridation génétique sur colonie. Ces tests permettent de confirmer le potentiel pathogène des isolats individuels. Le sérotypage O et le typage de l’antigène H peuvent aussi être utilisés pour aider à l’identification des isolats pathogènes. Toutes ces analyses peuvent également être faites sur des isolats provenant d’autres laboratoires. De plus, le EcL peut déterminer le profil d’antibiorésistance d’un isolat. L’électrophorèse à champs pulsés (PFGE; pulsetyping) peut être effectuée par la suite sur les isolats afin d’identifier des virotypes ou des clones émergents ou encore, pour permettre la traçabilité bactérienne des clones d’E. coli pathogènes. Cette approche globale permet une réponse rapide dans le développement de technologies efficaces telles que les nouvelles souches vaccinales et les immunoglobulines pour de l’immunothérapie passive, et ce, tout en facilitant les études épidémiologiques moléculaires.

Le schéma ci-dessous résume l’approche du EcL quant à l’identification des échantillons renfermant des E. coli pathogènes et à l’identification définitive du virotype d’un isolat.

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